从广义业务上讲，所谓跨境电商的业务模式，‘跨境’是指分属不同关境的交易主体，‘电商’是指通过电子商务平台达成交易、进行支付结算，并通过跨境物流送达商品、完成交易。
“四八新政”监管政策下的跨境电商包含保税备货、跨境直邮两种业务模式。
保税备货：平台先将商品批量运输至国内保税仓，待消费者下单后，再从保税仓进行清关出区，交付国内物流配送至消费者；跨境直邮：平台将商品存放在海外仓库，待消费者下单后，直接从海关配送，经中国海关清关后，交由国内物流配送至消费者。
保税备货、跨境直邮均是在‘四八新政’监管规则下的合规跨境电商业务模式，均需进行商品备案，经营品类受正面清单限制，所有订单均需平台进行主动申报，缴纳相关税费后才能进行境内配送，因此有效避免了代购、海通等灰色区域。但由于备货地的配置差异，保税备货、跨境直邮在物流时效、商品品类等方面形成了各自的优劣势。
对于大多数消费者而言，对直邮相对比较推崇，因为直邮模式可以提供完整的国外物流信息从而规避假货风险；对于平台而言，则是根据不同的运营策略，对两种模式各有侧重。
四八新政完善了跨境电商的相关税制，即‘跨境电商零售进口商品不再按物品征收行邮税，而是按货物征收关税、增值税、消费税’，不再设立免税额。同时要求‘对于通过跨境电商入境的商品过往海关时需要三单合一，即支付单、订单、物流单三单要一致匹配’。
支付单由有支付资质的企业推送给海关，订单和物流单由跨境电商平台或提供保税仓仓储物流服务的第三方公司推送给海关，海关核对三单信息，核验放行后才可进行境内段配送。
三单合一’的监管要求在国家层面有效提升跨境电商监管力度、征缴海关税费方面提供了强有力的工具保障，但同时也提高了跨境电商行业的进入门槛，由于需要和第三方支付、物流、保税仓及电子口岸进行系统对接，一定的技术开发能力成为业务开展的基础。
在实际政策落地过程中，三单合一也存在着很多变通方式，如部分关区仅要求三单（订单、支付单、运单），而有些关区（如成都、郑州）则要求‘四单’，除了订单、支付单、运单外，还需要由代理清关公司报送‘清单’；同时订单、运单、支付单等均可由代理清关公司代为报送，但需要先向海关部门进行申请审核。
消费者在跨境电商平台下单完成支付；电商平台通知第三方支付公司，将支付单报送至各关区清关服务平台；电商平台将消费者订单报送至各关区清关服务平台；电商平台通知第三方代理清关公司（保税仓）待清关订单信息；第三方代理清关公司（保税仓）获取电子运单号，结合待清关订单信息生成清单，报送至各关区清关服务平台；清关服务平台将支付单、订单、物流单、清单进行初步校验，通过后报送关、检、税、汇各管理部门业务系统；清关服务平台获取海关校验结果后（通过/不通过），回传清关结果至代理清关公司；若通过，代理清关公司进行后续打包、清关等操作。
各业务单据报送均为异步执行，可分别报送至清关服务平台，但是电商平台为了提高清关成功率，一般会优化该清关流程，如会在收到支付单报送成功信息回执后，再向海关推送订单信息。
在电子清关过程中，有两个比较特殊的角色，第三方代理清关公司、清关服务平台；
第三方代理清关公司：在保税备货模式下，对于没有能力自建保税仓的平台，需要与区内第三方公共保税仓合作，商品运达境内关区完成商检后，进入第三方保税仓。一般情况下，区内保税仓公司通常均具备代理清关资质，能够完成订单申报、代缴税费等工作，同时区内保税仓公司通常有合作的境内物流公司。因此，第三方代理清关公司往往承担着仓储、订单作业、清关、物流配送等各项服务能力。清关服务平台：即‘海关单一窗口’，在各关区没有清关公共服务平台前，跨境电商公司需要分别于地方海关、检验检疫、国税、外管局系统进行对接；清关公共服务平台整合了各管理部门内部系统，形成一套统一的申报接口，从而有效降低了三单合一系统对接难度。
